冷藏车在水产品运输中广泛使用，运输水产品不同于果蔬生鲜类，对温湿度的调节、装载方法都有较为细致的要求。

冷藏保鲜运输时，因冷机为风冷装置，故水产品表面容易干燥，可在冷藏车内加少量冰，不仅可以防止干燥，还能使保鲜期延长，通常能保鲜1个月左右。

运输水产品需要将冷藏车厢温度预冷至0-5°C，水产品放入冷藏车前，要充分洗涤表面脏污，以防止在封闭的空间内细菌滋生。对于活海鲜的运输，多为在冷藏车厢内放置水桶，相对空气湿度为95%~100%;并增加充氧装置，将车厢内温度调节至运输海鲜适宜的范围;对需要深冻的水产品，温度要调节的-18°C--20°C，运输时需要摆放好。

而且如果购买常规冷藏车，没有防腐蚀作用，长时间海水浸泡易对车厢造成腐蚀，损坏车厢的正常功能。故运输海鲜后，需对冷藏车厢进行及时清洗，并开门晾干，以避免海水对车厢及冷机的腐蚀。

除了上述常规的运输方式，也有通过冷却海水到0-1°C，将海水用容器盛入冷藏车，水产品直接放入冷却后的海水内保鲜。这种方法的保鲜期限通常为10-14天，保鲜质量也更好。但带来的问题有水产品稍咸，需要漂洗后食用。