因为冷藏车蒸发器风扇的转动，空气会不断地在车厢内循环流动，从而使车厢内的碎纸削或者是脏东西被蒸发器的风机所吸入。

长此以往，会使大量的杂尘被吸到蒸发器的盘管之内，由此制冷机的制冷效果被严重影响。因为蒸发器的盘管会被杂质包围，从而导致盘管的热交换率不断下降，所以大家会感觉冷藏保温车在使用多年后制冷效果远不如开始的时候，而造成这个原因，除了冷藏车本身的原因之外，就是由于蒸发器盘管污垢太多所导致。所以保证制冷机组正常工作的关键便是保持冷藏保温车里地面的清洁卫生。

冷藏车厢内部必须保持清洁卫生，地面更不能有包装袋和碎纸屑，因为这些碎屑会严重妨碍到空气的正常流通当然也极有可能被蒸发器吸进去。

冷藏车在海鲜产品运输中使用尤为广泛，运输水产品需要将冷藏车厢温度调节在0-5度，相对空气湿度为95%~100%。水产品放入冷藏车前，要充分洗涤表面脏污，以防止在封闭的空间内细菌滋生;对于活海鲜的运输，多为在冷藏车厢内放置水桶，增加充氧装置，将车厢内温度调节至运输海鲜适宜的范围;对需要深冻的水产品，温度要调节的更低，运输时需要摆放好。

冷藏保鲜运输时，水产品表面容易干燥，如在冷藏车内加少量冰，不仅可以防止干燥，还能使保鲜期延长，通常能保鲜1个月左右。